Действие сериала разворачивается в Москве 1960 года. Внезапно в столице вспыхивает чёрная оспа — опаснейшая инфекция, которую считали полностью побеждённой в СССР. КГБ в срочном порядке назначает полковника Шилова ответственным за борьбу с возможной эпидемией. У Шилова с оспой давние личные счёты, поэтому он берётся за дело с особым рвением. Его задача — как можно быстрее найти всех заражённых и локализовать вирус. Однако расследование заводит его в самые тёмные и опасные уголки столицы. Оказывается, зараза проникла в теневую жизнь города: подпольные тотализаторы, фарцовщики, проституция и наркотики. Шилову приходится искать ответы в глубинах преступного мира, вытаскивая на свет его обитателей и их страшные тайны. Сможет ли он остановить смертельный вирус и спасти Москву от катастрофы?